农用微农业菌肥代理在我国应用于农业生产的时间早起始于上世纪30年代，农业生产中早利用的微农业菌肥代理是农业人熟悉的豆科作物所特有的固氮菌。到了上世纪50年代，我国开始重视微农业菌肥代理的研发和实验，更多的微农业菌肥代理开始应用于农业生产。但是在上世纪中后期，微农业菌肥代理的应用于农业生产的范围还是相对的较为狭小，直到21世纪后随着化肥、对农业生产带来了越来越多的影响，相对而言较为安全的微农业菌肥代理得到了快速的发展和大力的推广。随着微农业菌肥代理商品化的发展和壮大以及农民朋友对微农业菌肥代理接受程度的提高，有部分微农业菌肥代理厂家为达到推广销售的目的，开始将微农业菌肥代理“化”，把其功效过度鼓吹。也正因为宣传推广中微农业菌肥代理的化，而使用后却未达到宣传中的效果，部分农民朋友开始抵触微农业菌肥代理，尤其是那些防虫的类型，微农业菌肥代理的健康发展受到了一定的阻碍。

在制造的过程中，要求尽可能地不使用或少使用(或---使用)化学肥料、化学和其他化学品。这就要求肥料首先要保护和促进被施物的生长和品质的提高；其次不使被施物产生和积聚---；第三不影响生态环境。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够---农产品的品质。

用量对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。作物根系问题一直是很多农户关注的话题，市场上各种促生根的产品也让人目不暇接，为了生根效果好，市面的多数产品里面都含有生根剂生根粉这种植物生长调节剂、促进剂类的生长素类化合物，但是有经验的农户都知道生根剂生根粉并不能对作物根系有好的长久效果，所以现在市面上又出现了可以促生根的微农业菌肥代理。