、促进土壤微生物活动土壤微生物在有机质转化过程中起着重要的作用，是衡量土壤肥力水平的重要标志之一。如土壤中有机质的矿质化过程，土壤中有机态氮磷的有效化过程，豆科植物生物固氮过程等，都与土壤微生物的作用有关。因此，施用有机肥料一方面增加了土壤有益微生物的数量和种群，另一方面为土壤微生物活动提供了---的环境条件，使土壤微生物活动显着增强。

微生物菌肥使用前后，运输，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥使用效果。所以在不适宜的环境中，会导致有益微生物菌的活性降低。运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项注意光照微生物菌忌暴晒（因为它们是在土壤中生长的）。　注意温度存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低目前农业用地约有五分之一受到污染，现有约2亿亩耕地在利用上存在粮食、生态等问题，在农业生产中，土壤破坏主要表现为土壤板结、酸化、次生盐渍化、重金属含量超标所造成的土壤污染---、作物死苗烂根---等现象，其中任何一种现象都会对农作物造成损害，易发生各种病虫害，肥料利用率低，作物品质差等。

复合微生物肥料的作用机理---不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮---（菌剂）”、“腐解---（菌剂）”等。复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明用枯草芽孢、地衣芽孢、嗜热脂肪地芽孢生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益数量增加4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。