生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。生物有机肥相比精制有机肥的优势精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。生物有机肥相比化肥的优势生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。生物有机肥能---作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。

全腐植物组织经分解后，已完全失去原有的形态特征，看不见原来的形态，变成一个软质的团块，即完全腐烂，完全腐烂的标志是原始混合物呈褐色或灰褐色，颗粒状或粉状，堆温降低，物料松散，无原料原有气味，有少许氨气味，堆内产生白色菌丝体。微生物菌肥是根据土壤微生态原理和植物营养原理生产的农业肥料之一，微生物菌肥的使用可以有效提高作物产量。

微生物菌剂的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身---无害。大量施用化肥、，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要事情。　盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。